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南京市中医院（南京中医药大学附属南京中医院、南京市中医药研究所）成立于1956年，现有2个院区：大明路院区、夫子庙院区；3个分院（紧密型医联体）：浦口分院（南京市浦口区中医院）、高淳分院（南京市高淳中医院）、滨海分院（盐城市滨海县中医院）。现占地面积92亩，建筑面积31.1万㎡，编制床位1500张，现在职职工1915人，其中卫技人员1718人，高级职称517人，硕博士476人。
南京市中医院是新中国成立最早的中医医院之一，医院科室设置完善，发展到现在已是一所中医特色明显，集医疗、教学、科研、预防保健、康复和急救功能为一体的、具有中国传统文化特色的花园式、现代化大型三级甲等中医医院。是全国肛肠医疗中心、国家级区域诊疗中心，现有国家级重点学科1个（中医肛肠病学），国家级重点专科7个；江苏省重点学科1个（中医脑病学），江苏省重点专科8个；南京市重点专科16个。医院有全国中医师承指导老师5人，省、市级名中医、名中西医结合专家70人；设有国家级名中医工作室5个、省级名中医工作室6个、市级名中医工作室27个、国家及省级名中医工作室基层工作站4个、市级名中医工作室基层工作站24个。设立院士工作站、江苏省研究生工作站、江苏省博士后创新实践基地、南京市中医药现代化与大数据研究中心、南京市中医药转化医学基地、南京市普外科临床医学中心、南京市医学重点实验室、南京市临床生物资源样本库等。
医院拥有院内自制制剂122种。拥有国家级非物质文化遗产代表性项目：丁氏痔科医术；江苏省非物质文化遗产项目：“洪氏眼科”“金陵中医推拿术”；与多名国医大师、国医名师达成合作协议；融入“一带一路”战略部署，与美国、比利时等多所大学开展院校间科研、教学、人才培养全面合作；与白俄罗斯莫吉廖夫市中心医院合作设立“中国—白俄罗斯（莫吉廖夫市）传统医学中心”，提供中医诊疗服务，传播中医文化；在全国率先创立多专业一体化诊疗平台，并作为典范向全国推广建设经验。
2021年，医院荣登中华中医药学会“2021年度中医医院学科（专科）学术影响力”中医肛肠病学全国排行榜第二名；肛肠科、脑病科被评为“2021届中国中医医院最佳临床型专科”。获批1个省级临床医学中心—“江苏省中医肛肠疾病临床医学创新中心”，获批2个市级临床研究中心—南京市中西医结合疫病研究中心、南京市中西医结合心血管病研究中心。
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